氏肺囊蟲肺炎要配以藥物和隔離治療，但也很有可能會出現(xiàn)不少的后遺癥和不良反應(yīng)。

A.治療做病原治療。首選藥物為甲氧芐啶加磺胺甲噁唑，連服2周，但不良副作用遠較少見，表現(xiàn)為皮膚過敏與胃腸道反應(yīng)。支持療法包括應(yīng)用人血丙種球蛋白，可以增強免疫力；

B.必要時吸氧。如在應(yīng)用腎上腺皮質(zhì)激素過程中發(fā)生此病，則需減量或停藥。為預(yù)防此病在高?；純褐薪徊娓腥?，最近主張進行呼吸道隔離，直至治療結(jié)束；

C.對癥治療，臥床休息，多飲水及少量多次進軟質(zhì)飲食，補充足量的維生素及蛋白質(zhì)，酌情靜脈輸液等。目前已經(jīng)證實較有效的病毒抑制藥物如利巴韋林（病毒唑）、阿昔洛韋、阿糖腺苷、金剛烷胺、干擾素等，可酌情應(yīng)用；

D.卡氏肺囊蟲肺炎治療方法可能會有不良反應(yīng)。本病經(jīng)單獨支持療法(如吸氧、抗生素、輸血、良好的護理等)。治療后病灶多在短期內(nèi)消失，不留痕跡，但亦有個別患者遺留肺纖維化。