1、禁欲3～7天，精液常規(guī)分析3次以上者，精子密度低于2000萬而查不出任何病因，可考慮為特發(fā)性少精子癥。當(dāng)精子密度≤l×106/ml時(shí)，可診斷為嚴(yán)重少精子癥。

2、通過詢問病史、體格檢查及其他實(shí)驗(yàn)室輔助檢查（遺傳學(xué)檢查、內(nèi)分泌激素測(cè)定、微生物學(xué)檢查、抗精子抗體、微量元素測(cè)定等），大多能發(fā)現(xiàn)引起少精子癥的病因。精液分析少精子并同時(shí)伴有引起少精子的疾病病因時(shí)，可診斷為繼發(fā)性少精子癥。

3、根據(jù)有尿頻、尿急、尿痛以及尿道燒灼樣感，以及尿道外口膿性分泌物，尿液檢查膿細(xì)胞增多，前列腺液檢查白細(xì)胞大于10/HP，以及尿培養(yǎng)等可確定有生殖系統(tǒng)炎癥。

4、免疫學(xué)檢查可以確定是否存在自身免疫，染色體核型分析可確定是否存在染色體異常。測(cè)定血清FSH、LH、T、PRL也是少精子癥檢查的重要方法，若FSH、LH低于正常，為繼發(fā)性少精子癥，PRL升高為高泌乳素血癥引起的少精子癥。

另外有些少精子癥原因不明，稱為特發(fā)性少精子癥。

與無精子癥和死精子癥鑒別：

1、無精子癥：三次精液檢查均未發(fā)現(xiàn)精子者為無精子癥，無精子癥又分為“先天性無精子癥”和“阻塞性無精子癥”兩種，前者指睪丸生精細(xì)胞萎縮、退化，不能生成精子;后者指睪丸能產(chǎn)生精子，但輸精管阻塞而不能排出精子。

2、死精子癥：精液中精子成活率減少，精液檢查中發(fā)現(xiàn)死精子超過40%者為死精子癥，亦稱死精子過多癥。但是因檢查方法不當(dāng)或未按正常方法搜集精液，而人為造成的死精子增多，稱為假死精子癥，必須予以鑒別。